Pseudomonas putida. Derrière ce nom étrange se cache une bactérie qui a permis à une équipe d’étudiants de l’université d’Evry-Val-d’Essonne (UEVE) de se distinguer au célèbre MIT*de Boston, où ils ont remporté une des médailles de bronze du prix international iGEM (catégorie Overgraduate).
Un projet pour l’environnement…
Tout commence en novembre 2015, quand des étudiants du master 2 Systems & Synthetic Biology (SSB) de l’université d’Evry décident de participer à ce concours dédié à la biologie de synthèse. Ils souhaitent s’appuyer sur cette discipline mêlant ingénierie et biologie pour agir en faveur de l’environnement. L’idée de faire produire du plastique par des bactéries germe alors rapidement.
"Nous nous sommes basés sur les travaux de chercheurs asiatiques qui avaient identifié sur une autre bactérie des gènes capables de produire de l’acide lactique et de le polymériser [ndlr faire des chaînes]. Il en résulte de l’acide polylactique (PLA) que l’on utilise dans les imprimantes 3D, le matériel chirurgical ou encore certains emballages", explique Delphine Dessaux, en première année de thèse à l’UEVE et membre de l’équipe iGEM Evry 2016. "Nous les avons optimisés puis les avons ajoutés dans nos Pseudomonas. Parallèlement, nous avons conçu un bioréacteur (fermenteur) offrant à notre souche des conditions de vie idéales. Avec cet ensemble nous espérons obtenir un PLA de bonne qualité".
À terme, cette technique devrait permettre de s’affranchir des procédés chimiques actuels de fabrication du matériau. Basés sur la fermentation du maïs, ils comprennent de nombreuses étapes pour un rendement faible et une empreinte écologique conséquente.
…interdisciplinaire et formateur
Pour parvenir à ce résultat, de nombreuses compétences ont été nécessaires. "C’est un projet très interdisciplinaire qui soulève des questions techniques mais aussi éthiques et d’intégration dans la société". De la troisième année de licence au master 2, iGEM Evry 2016 a donc rassemblé 11 étudiants issus des différents secteurs de la biologie, de la bioinformatique ou encore du droit.
Pendant près d’un an, soutenus par le Génopole et l’institut de biologie systémique et synthétique (ISSB ) de l’université d’Evry, les étudiants ont porté le projet de bout en bout, sacrifiant leur temps libre."Il fallait tout mener de front", se souvient Toky Ratovomanana à présent en master de bioinformatique à l’université Paris-Saclay**. "Conduire les expériences à la paillasse, démarcher les sponsors, organiser un crowdfunding… C’était un projet prenant grâce auquel je me suis dépassé et je suis sorti de ma coquille".
Du 27 au 31 octobre dernier, toute l’équipe était au MIT pour valoriser son dispositif. "Nous étions évalués sur les tâches que nous avions accomplies, la présentation du projet ou encore la communication qui l’accompagnait. Notre gestion du budget a également pesé dans la balance, notamment le fait d’économiser 2000 euros en concevant un bioréacteur par nos propres moyens", souligne Delphine.
Open source
Aujourd’hui, chacun a repris le cours normal de ses études. Car si d’autres équipes utilisent Igem pour transformer leur projet en startup, l’équipe évryenne ne l’entend pas de cette oreille. "Nous avons préféré mettre nos résultats à la disposition de tous. Privilégier l’Open source est pour nous un moyen de faire avancer les connaissances et de les partager", concluent Delphine et Toky.
* Massachussets Institute of Technology
** GENIOMHE : Genomics Informatics and Mathematics for Health and Environment
